会計システムを乗り換えるとき、過去の帳簿データはどう残す？CSVだけでは足りない理由

会計システムを乗り換えるときは、旧システムの帳簿（仕訳帳・総勘定元帳など）と、電子で受け取った請求書などのデータを、保存期間が終わるまで「見られる状態」で残す必要があります。法人の保存期間は原則7年で、青色申告で欠損金が生じた事業年度は10年です。
帳簿を電子のまま残すには、画面や紙に整った形で出力でき、税務署からデータの提出を求められたら応じられる状態を保つ必要があります。旧システムを解約してその状態を保てなくなるなら、紙に出力して保存することになります。CSVで書き出しただけでは、読み方の分からないデータになったり、この条件を満たせなかったりすることがあります。
株式会社Next Operation（仙台市）は、会計システムの選定から、移行、AIを活用した経理の仕組みづくりまでを支援しています。まず残すものの全体像を表で示し、そのあとに解約前に決めることと手順を説明します。

この記事は、国税庁の「電子帳簿保存法一問一答」（令和8年7月）などをもとに、2026年11月7日時点の内容でまとめた一般的な説明です。実際の保存方法は、顧問税理士にご確認ください。

概要：会計システムを乗り換えるときに残すもの

まず押さえたい、帳簿の保存の基本

国税庁の「電子帳簿保存法一問一答【電子計算機を使用して作成する帳簿書類関係】」をもとに、基本を整理します。

• 帳簿は紙で保存するのが原則です。 パソコンで作った帳簿を電子データのまま保存できるのは、電子帳簿保存法による特例です（問1）。
• 電子のまま保存するには、最低限の要件があります（問7）。 システムの概要書などの書類を備え付けること、画面と紙に出力できる機器を備えること、税務職員から電子データの提示や提出（ダウンロード）を求められたら応じることなどです。
• 保存期間は、各税法で決められた期間と同じです（問3）。 法人は帳簿・書類とも7年で、青色申告で欠損金が生じた事業年度などは10年です。期間は、その事業年度の確定申告書の提出期限の翌日から数えます。

旧システムをやめる前に決める3つのこと

1. 旧システムを「見る専用」で残せるか

一問一答の問14では、検索の機能は、変更前のシステムで確保できていれば、今使っているシステムで検索できなくても差し支えない、とされています。システムを変更したときに、変更前のデータを変更前のシステムで検索できるようにしておく場合が、これに当たります。
つまり、旧システムを閲覧用として残せるなら、過去の帳簿は電子のまま保存しやすくなります。クラウドのサービスでは、解約するとデータを見られなくなるものもあるため、閲覧だけのプランがあるか、解約後のデータの扱いがどうなるかを、提供元に確認しましょう。

2. 残せないなら、何をどの形で出力するか

一問一答の問37では、電子データでの保存をやめる場合、保存の要件を満たせなくなる電子データは、全て紙に出力して、保存期間が終わるまで保存する必要がある、とされています。
紙に出力するときは、帳簿の形に準じた、整った形で出力します。画面の印刷（ハードコピー）でも構いませんが、1件の記録が何枚もの紙に分かれて出力される形は認められません（問11）。
PDFで残す方法もありますが、電子データとしての要件を満たすかは、保存の仕方によって変わります。顧問税理士に確認したうえで決めましょう。

3. 電子取引のデータを先に集める

メールやクラウドで受け取った請求書・領収書などは「電子取引」のデータで、電子データのまま保存することが義務になっています。紙に印刷しただけの保存は認められません。
旧システムに請求書のPDFを添付して保管していた場合は、解約の前に、そのデータを取り出しておく必要があります。取り出したデータは、取引の日付・金額・取引先で探せるように、ファイル名や一覧表を整えて保存します。
電子取引のデータも、変更前のシステムで検索できるようにしておけば、今のシステムで検索できなくても差し支えないとされています（電子取引関係の一問一答 問24）。

CSVだけでは足りない5つの理由

CSVは、新しいシステムへの移行や、将来の分析に使える控えとして役に立ちます。ただし、CSVだけを残しておけば安心、というわけではありません。

1. コードの意味が分からなくなる。 仕訳のCSVには、勘定科目・部門・税区分がコードで入っていることがあります。コード表（マスタ）も一緒に出力しておかないと、数年後に読めなくなります。
2. 正しく出力できたか確かめられない。 CSVの合計を、試算表や決算書の金額と照合し、その結果を記録しておきます。
3. 文字化けや、数字の形が崩れることがある。 文字コードの違いで文字化けしたり、表計算ソフトで開いたときに、先頭のゼロが消えたり長い数字が別の表示になったりします。
4. 電子取引のデータは含まれないことが多い。 仕訳のCSVには、添付していた請求書のPDFなどは入っていません。別に取り出して保存します。
5. 「整った形で見られる」状態は別に用意する必要がある。 電子のまま帳簿を残すには、画面や紙に帳簿の形で出力できることが求められます（問11）。

移行前のチェックリスト

1. 保存期間の終わりを、事業年度ごとに一覧にした（欠損金が生じた年度は10年）
2. 旧システムを閲覧用に残せるか、解約後のデータの扱いを提供元に確認した
3. 帳簿（仕訳帳・総勘定元帳・補助簿・固定資産台帳）と決算関係書類の残し方を決めた
4. 勘定科目・部門・税区分などのマスタを出力した
5. CSVの合計を、試算表・決算書と照合し、結果を記録した
6. 電子取引のデータ（請求書のPDFなど）を、日付・金額・取引先で探せる形で取り出した
7. システムの概要書や操作説明書を保存した
8. 保存場所と、管理の責任者を決めた
9. 顧問税理士に、保存の方法を確認した

過去のデータの残し方も、システム選定の段階で決める

会計システムの乗り換えでは、新しいシステムの機能や料金に目が向きがちです。ですが、過去のデータの残し方も、選定の段階で決めておくべきことの一つです。解約のスケジュールや、閲覧用プランの費用によって、移行の計画が変わるためです。

当社は、現状の業務の棚卸しから、次の会計システムの選定、移行、AIの業務への組み込みまでを支援しています。10年以上使ってきた会計システムの見直しを支援している例は、支援実績のページで紹介しています。業務の整理の進め方は、AI導入の前に「業務の棚卸し」をどう進める？も参考にしてください。

関連するサービス：業務改革コンサルティング／freee導入支援

新しいシステムで、AIを使って経理をどう変えられるかは、経理のAI活用事例で紹介しています。

確認した一次情報（2026年11月7日確認）

• 電子帳簿保存法一問一答（令和8年7月）（国税庁）：【電子計算機を使用して作成する帳簿書類関係】問1・問3・問7・問11・問14・問37、【電子取引関係】問1・問24
• No.5930 帳簿書類等の保存期間（国税庁）

よくある質問

旧システムのデータは、何年分残せばよいですか？

法人の場合、帳簿と書類は、その事業年度の確定申告書の提出期限の翌日から7年間保存します。青色申告で欠損金が生じた事業年度などは10年間です。事業年度ごとに保存期間の終わりを一覧にしておくと、いつまで残せばよいかが分かります。

旧システムを解約したら、帳簿は紙に印刷して残す必要がありますか？

旧システムを閲覧用に残すなどして、電子のまま保存する要件を満たせるなら、電子のまま保存できます。要件を満たせなくなる場合は、紙に出力して、保存期間が終わるまで保存する必要があります。

電子で受け取った請求書は、印刷して残してもよいですか？

いいえ。メールやクラウドで受け取った請求書などは、電子データのまま保存する必要があります。紙に印刷しただけの保存は認められません。

過去の仕訳を、全部新しいシステムに移すべきですか？

必ずしも全部を移す必要はありません。新しいシステムには、前期との比較などに必要な期間の残高や仕訳を移し、それより前のデータは、旧データとして保存期間が終わるまで残す方法もあります。どこまで移すかは、移行の手間と、日々の業務で過去のデータを見る頻度で決めます。